مادرش اسماء بنت عمیس،پس از ابوبکر با حضرت امیر علیه السلام ازدواج کرد.

محمّد در دامان پر مهرعلوی تربیت یافت و از کودکی در خانه امیر المومنین علیه السلام پرورش یافت و مرام و منش علی علیه السلام را به شایستگی آموخت.

او از اصحاب خاص مولای متقیان علی علیه السلام بود و در حوادث گوناگون حیات آن حضرت در کنار ایشان چون فرزندی دلسوز و مریدی با وفا حضور داشتند. به ویژه در جنگ جمل،در رکاب امیر المومنین علیه السلام بود و تلاشهای بسیار کرد تا خواهرش عایشه را از این فتنه برحذر دارد،امّا سودی نداشت.

نامه نگاریهای او برای معاویه برحقانیت امیر المومنین علیه السلام و دفاع از حضرت در کتابهای تاریخی موجود است که همه حاکی از اردات و معرفت او نسبت به خاندان نبوت صل اللّه علیه و آل و سلم می باشد.

محمّد بن ابی بکر از سوی امیر المومنین علیه السلام پس از این که قیس نتوانست امارت مصر را سر و سامان بخشد به حکومت آنجا منصوب شد و همزمان معاویه نیز عمروعاص را به حکومت مصر منصوب کرد و او را به آنجا فرستاد.
محمّد بن ابی بکر در تلاش برای سامان بخشیدن به اوضاع مصر بود ولی دسیسته های عمروعاص از یک سو و اعتراض و شورش مردم که از جانب عمروعاص تحریک شده بودند از سوی دیگر،باعث شد تا این سردار رشید نتواند برابر سپاه عمروعاص مقاومت کند و در نتیجه شکست خورد.

محمّد را در محلی به نام کوم شریک در حوالی مصر محاصره کردند و پس از دستگیری،ناجوانمردانه در پوست حماری کردند و آتش زدند.(1)

امیر المومنین علیه السلام پس از شنیدن خبر شهادت دلخراش او به شدّت محزون شدند و تأسف خوردند. بی تابی امیر المومنین علیه السلام در فراق او در خطبه 68 نهج البلاغه آمده است: از زمانی که وارد این جنگ شدم(جنگ با معاویه) برای هیچ کشته ای مثل محمّد محزون نشدم،همانا محمّد فرزند همسرم و مانند اولاد من بود و با من به نیکویی رفتار می کرد.(2)
لازم به توضیح : که دشمنان اهل بیت علیه السلام هنگامی که کنار قبر آن بزرگوار می روند پشت به قبر می کنند و برای ابوبکر فاتحه می خوانند!!

-----------------------------------------------------

منابع:
1-مرآه الجنان، یافعی،ج1، صفحه87، و قلائدالنور، ج محرم وصفر، صفحه395، و مستدرک سفینه البحار، ج6، صفحه294
2- نهج البلاغه،ترجمه شهیدی،خطبه 68